بیوفیلتراسیون روشی برای تصفیه آلودگی‌های هوا و آب می‌باشد که در آن از موجودات زنده برای تبدیل آلاینده‌ها استفاده می‌شود. برخی از پسماندهای ناشی از ماهی وغذا در آب محلول میشوند، که سبب تولید آمونیاک میگردند. با به مجموعه عملیاتی که با استفاده از بیوفیلتر ها در جهت حذف آنها صورت میگیرد را فیلتراسیون بیولوژیکی گفته می شوند.
آمونیاک که از جمله مواد دفعی ناشی از فضولات ماهی بوده و در زنجیره مورد نظر توسط اولین باکتری مصرف می گردد و باکتری دوم که با دفع نیتریت فعال شده پروسه فوق را ادامه داده ودر نهایت هدف این دستگاه حذف کامل این مواد از سیستم تولیدی ( مواد دفعی فوق نقش مواد مغذی را برای باکتریها دارند ) می باشد . بیوفیلتر به عنوان فیلتر زیستی عمل می کند زیرا با عبور اب خروجی ( پساب ماهیان استخر ) از این دستگاه و با تغذیه باکتریهای موجود در روی صفحات بیوفیلتر از این مواد مغذی ( مواد زاید ناشی از فرایند آبزی پروری ) تصفیه اب انجام شده و قابلیت برگشت به سمت ورودی مزرعه را پیدا می کند .
در تصفیه آب ابتدا باید مواد معلق و ذرات موجود در آن را بوسیله وسایل مکانیزه جدا نموده و سپس از طریق این باکتریها مواد دفعی همچون آمونیاک و نیتریت را در قالب مواد مغذی مورد استفاده باکتریها حذف نمود . چون عدم انجام تصفیه فیزیکی و معلق ماندن این مواد در داخل آب می تواند عملکرد بیوفیلترها را تحت تاثیر قرار داده و ان را کاهش دهد